El sistema de archivos FAT tiene importantes limitaciones en cuanto a la numero de archivos y tamaño de estos que pueden ser almacenados, la opcion para los entornos Windows es cambiar este tipo de archivos por NTFS, que supera las limitaciones del FAT.
Para consergir un cambio de tipo de fichero sin formatear la particion existe un comando llamado convert que realizar esta operacion automaticamente, aunque cuando se realizan estas operaciones merece la pena destinar algun tiempo a realizar una copia de seguridad.
convert <unidad> /FS:<tipo> /V
por ejemplo
convert d: /FS:NTFS /V
Una nota importante es que para ejecutar este comando es necesario usar el modo consola con permisos de administrador.